Bộ Giao thông vận tải cho rằng Hà Nội không nên xây dựng mới các bến xe liên tỉnh có tính chất sử dụng không lâu dài như bến xe Yên Sở được nêu trong quy hoạch để tránh lãng phí vốn đầu tư và ảnh hưởng đến quỹ đất của thành phố.
