Viện kiểm sát cho rằng ông Ngô Nhật Phương không có thẩm quyền nhưng lại có tài liệu được Bộ Y tế đóng dấu mật. Do đó, cơ quan này kiến nghị điều tra vụ án làm lộ bí mật Nhà nước để xử lý trong giai đoạn 2 vụ án.