Sau khi hình thành sân bay thứ 2 vùng Thủ đô, Hà Nội sẽ xây dựng thành phố khu vực phía Nam (huyện Phú Xuyên và Ứng Hòa).
Theo tờ tình về báo cáo đồ án Điều chỉnh Quy hoạch chung đến năm 2045, tầm nhìn đến năm 2065, Thủ đô Hà Nội được định hướng có 5 trục không gian chính, gồm: trục Sông Hồng, trục Hồ Tây – Ba Vì, trục Hồ Tây – Cổ Loa, trục Nhật Tân – Nội Bài và trục Nam Hà Nội.
Trong đó, trục Nam Hà Nội Phát triển mới trục không gian phía Nam gắn với trục văn hóa Mỹ Đình – Ba Sao – Bái Đính; Kết nối di sản Thăng Long – Hoa Lư, gắn với vùng di tích Hương Sơn – Tam Chúc, Cảng hàng không thứ 2 Vùng Thủ đô và đô thị Phú Xuyên, đồng bộ với trục quốc lộ 1A, 1B, đường Hồ Chí Minh, kết nối cao tốc Tây Bắc và các tỉnh phía Nam, tạo dư địa và động lực phát triển mới.
Đặc biệt, Hà Nội cũng đề xuất áp dụng mô hình “Thành phố trong Thủ đô”, để tạo các cơ chế chính sách đặc thù vượt trội cho khu vực phía Tây (Hòa Lạc, Xuân Mai), phía Bắc (Đông Anh, Mê Linh, Sóc Sơn) và dự kiến phía Nam (Phú Xuyên, Ứng Hòa) sau khi hình thành sân bay thứ 2, để tạo điều kiện thúc đẩy phát triển các khu chức năng về khoa học công nghệ, giáo dục đào tạo, thương mại dịch vụ; logistics; thương mại quốc tế; tài chính… để hình thành các động lực, trung tâm phát triển mới của Thủ đô Hà Nội.
Theo tờ trình, khu vực đô thị phía Nam bao gồm các huyện Thường Tín – Phú Xuyên – Thanh Oai – Ứng Hòa – Mỹ Đức. Đây là cửa ngõ phía Nam Hà Nội, tập trung nhiều đầu mối giao thông quốc gia như: Quốc lộ 1A, cao tốc Bắc Nam, đường sắt Bắc Nam; cao tốc Tây Bắc – quốc lộ 5 và cảng sông Vạn Điểm.
Các khu công nghiệp Phú Xuyên cũng là nơi thuận lợi để di dời công nghiệp từ các khu vực nội đô, khu vực Hà Tây (cũ) tới và phù hợp phát triển dịch vụ trung chuyển hàng hóa. Các khu công nghiệp này liên kết với các khu công nghiệp Đồng Văn (Hà Nam) sẽ tạo điều kiện hỗ trợ phát triển nông nghiệp cho vùng đồng bằng phía Nam sông Hồng.
Khu vực này cũng là một trong những đô thị tiềm năng hàng đầu trong các đô thị vệ tinh bởi sự liên kết chặt chẽ với sân bay Nam Hà Nội, đường sắt tốc độ cao, hệ thống du thuyền, hệ thống vận tải đường thủy sông Hồng. Tại đây phù hợp để hình thành một đô thị cửa ngõ phía Nam, là trung tâm dịch vụ và khai thác logistics phía Nam, trung tâm đón nhận các sản phẩm nông sản của khu vực phía Nam phục vụ cho cung ứng và xuất khẩu.
Bên cạnh đó, đô thị Phú Xuyên được định hướng phát triển trở thành đô thị công nghiệp, đầu mối giao thông, trung chuyển hàng hóa; đô thị vệ tinh cửa ngõ phía Nam của Thủ đô, đầu mối của các hành lang giao thông quốc gia.
Ngoài ra, trong tương lại, sẽ xây dựng mới Khu công nghiệp Thường Tín – Phú Xuyên với các ngành chế biến nông sản – thực phẩm, công nghiệp nhẹ, chế biến xuất khẩu, hệ thống cảng, kho tàng, bến bãi dịch vụ tiếp vận, logistics.
